如果微生物没有接受到足够的紫外线消毒器紫外照射剂量，有些微生物可以修复其受到的损伤。大量的研究表明：病毒本身没有修复能力，有些细菌具有修复能力，但受到的紫外照射剂量越高，其修复能力越低，只要剂量设计适当，适当增加价格成本，可完全去除或有效地抑制这些微生物的修复能力。

　　微生物的修复在实际污水处理和回用水处理系统中并不重要，另外污水本身的特性也被认为不利于微生物受伤后的修复，建议利用管道式紫外线消毒器灯管密度高杀菌效果好的特性解决微生物受伤后的修复问题。有些研究还显示中压紫外灯发射的某些紫外波长可能可以抑制或破坏微生物的修复能力。世界上使用紫外消毒工艺的3000多家污水处理厂的实际运行表明微生物的修复并不是实际问题，现在这一问题在国外已不再是紫外污水消毒处理应用中人们担心的问题。

　　微生物的修复可分为光修复和黑暗修复，光修复需要可见光的存在，而且微生物在受到污水紫外线消毒器的紫外线照射后到见到可见光之间的间隔时间越长，微生物见到可见光后光修复的能力越低，如果时间间隔超过2小时以上，一些微生物会完全丧失光修复能力，污水厂在设计时可利用这一特点通过增加消毒后污水不见光的时间来进一步抑制微生物的修复。